Der mittelalterliche Bau mit barockem Turm wurde beim Großen Brand 1842 zerstört. Danach entstand ein Neubau im gotischen Münsterstil. Die Kirche brannte im 2. Weltkrieg 1943 wiederum aus, nur der Turm stürzte nicht ein. Er steht heute als Mahnmal an die Bombenangriffe auf Hamburg. Im Turmdurchgang ist ein Schwarz-Weiß-Mosaik nach einer Zeichnung von Oskar Kokoschka angebracht. Der Kirchturm ist mit 147 m der dritthöchste Deutschlands!

Das Dokumentationszentrum des Mahnmals St. Nikolai im Kellergewölbe der ehemaligen Kirche ist zu einer internationalen Begegnungsstätte ausgebaut worden. Hier finden nicht nur Theateraufführungen, Vorträge und andere Veranstaltungen statt, sondern auch in wechselnden Ausstellungen wird an die Umstände, die zur Zerstörung Europas und zum Tode von Millionen Menschen führten, erinnert.

1993 wurde eines der größten Glockenspiele (Carillon) Deutschlands in den Kirchturm eingebaut. Es erklingt bei Live-Konzerten und zum Stundenschlag mit einer kleinen Melodie.

Als touristische Attraktion können Besucher mit einem gläsernen Panorama-Lift (behindertengerecht) bis zu einer Plattform in 75,3 m Höhe fahren, einen herrlichen Ausblick über die Hansestadt genießen und gleichzeitig etwas über die Geschichte Hamburgs erfahren.

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